A oitava função ecológica transcendente das florestas é a conservação dos ecossistemas aquáticos e sua biodiversidade. As matas ciliares abastecem os cursos d’água com matérias orgânica de troncos, ramos, folhas, flores, frutos e sementes. A copa das árvores localizada na faixa costeira, atenua a radiação solar incidente sobre a água e nas margens dos canais, criando um microclima apropriado para a fauna aquática e a microbiota do solo.